favicon.icoってのはブラウザーのURL欄とかお気に入り（ブックマーク）のところに表示される小さなアイコン。最初は律儀に.icoファイルで作ってたんだけど、コレだとアップロードしても全然表示されません。
どうもはてなの仕様というかで（参照：はてなダイアリー日記）、.ico形式はダメっぽい。というわけでアルファチャンネル付きの.pngでアップロードしたら、きちんと背景も透過されて表示させることができました。ファイル形式もサーバー側で.icoに変換されるようです。
でもこのアイコン、当サイトがお気に入りに登録されてる状態では表示されなかったかもしれない。一度お気に入りからこのサイトを削除して、もう一度お気に入りに登録し直すとかしてみてください。ちなみにこんな感じ→
。
